1983年底，根据环境保护工作的需要，在全市机构改革中，经区政府研究决定，撤销区环境保护办公室，成立南桐矿区环境保护局，为正处级行政单位。1993年4月，因南桐矿区更名为万盛区，南桐矿区环保局随即更名为万盛区环境保护局。2011年11月，在綦江县和万盛区行政区划调整时，万盛经济技术开发区设立了万盛经开区环境保护和旅游管理局。2012年6月，市委、市政府重新调整万盛经开区管理体制和管理权限后，万盛经开区单独设立了环保局，为正处级单位。目前，万盛经开区环保局共设有办公室、综合管理科、污染防治科（挂总量减排科牌子）及建设项目管理科4个科室，下属1个副处级事业单位（万盛经开区环境监察支队）和2个正科级事业单位（万盛经开区环境监测站和环保宣传教育信息中心）